Hoàng đế Karl VI qua đời ngày 20 tháng 10 năm 1740, có thể là do ngộ độc nấm. Ông đã không nghe lời khuyên của Vương công Eugene xứ Savoy, người khuyên ông nên tập trung tìm cách làm đầy ngân khố và trang bị thêm cho quân đội thay vì cố thuyết phục người ta chấp nhận con gái ông.[23] Hoàng đế, người đã dùng gần toàn bộ tâm sức trong suốt thời gian cai trị để bảo vệ Sắc lệnh Thực dụng, để lại một nước Áo trong tình trạng nghèo đói, tan hoang sau cuộc chiến mới đây với người Thổ và Chiến tranh Kế vị Ba Lan;[62] kho bạc khi đó chỉ còn 100,000 florins, theo tuyên bố của vợ góa của ông.[63] Quân đội khi đó chỉ còn 80,000 người, phần lớn trong số họ không được trả lương trong nhiều tháng, nhưng họ vẫn khá trung thành và tận tâm với nữ chủ nhân mới.[64][65]

Maria Theresia tự thấy bà rơi vào tình trạng khá khăn. Bà chưa biết được hết về những vấn đề của quốc gia và cũng chưa nhận thức được sự yếu kém của chính phủ mà cha bà để lại. Bà quyết định làm theo lời khuyên của cha bà khi nguyên các chính sách của triều đình và làm theo chồng, người mà bà coi là có kinh nghiệm hơn, về các vấn đề khác. Cả hai quyết định, sau đó đã gây ra cho bà sự hối tiếc lớn. Mười năm sau, Maria Theresia hồi tưởng lại trong Chánh quyền chúc thư hoàn cảnh lúc khi đó: "Bổn hậu được lập lên khi trong tay không có tiền, không có uy tín, không có quân đội, không có kinh nghiệm và kiến thức của riêng mình và cuối cùng, cũng không có được một lời khuyên hữu ích vì mỗi người trong bọn họ đều muốn trước hết là chờ đợi và xem mọi chuyện sẽ diễn tiến như thế nào..."[41][66]

Bà bác bỏ nguy cơ các quốc gia khác có thể tìm cách chiếm đất của mình và bắt đầu bàn bạc về chức tước mà mình sẽ đảm nhận;[67] vì một phụ nữ như bà không thể được bầu làm Hoàng đế của đế chế, Maria Theresia muốn rằng chức danh này sẽ được dành cho chồng bà. Tuy nhiên, Franz Stephan không có đủ lãnh địa và địa vị để có thể lên ngôi vua.[68] Để giúp chồng có đủ điều kiện để lên ngôi hoàng đế và có quyền bỏ phiếu trong cuộc bầu cử hoàng đế trên danh nghĩa Tuyển hầu Bohemia (mà bà không thể nắm giữ vì lý do giới tính), Maria Theresia phong cho Franz Stephan kàm đồng cai trị ở đất Áo và Bohemian ngày 21 tháng 11, 1740.[69] Tuy nhiên, phải mất hơn một năm để Nghị viện Hungary cho phép Franz Stephan làm Đồng cai trị.[70][71] Mặc cho tình yêu của mình dành cho chồng và việc đã phong cho chồng làm đồng cai trị, Maria Theresia không bao giờ cho phép chồng bà quyết định các đại sự của nhà nước và thường bác bỏ ý kiến của ông trong các cuộc họp hội đồng khi họ không đồng tình.[72]

Maria Theresia mới hiện diện trước công chúng lần đầu tiên là cuộc diễu hành ngày 22 tháng 11 năm 1740. Đó là một sự kiện long trọng thể hiện sự công nhân và kính trọng của quần chúng đối với bà và ngôi vị của bà. Tuyên thệ về lòng trung thành với Maria Theresia được ký cùng ngày đó tại Hofburg.[61]